西班牙和荷兰已经用完了所有炮弹，只能束手待毙。
朱由检命令卢象昇派二十名机关枪手登上西班牙和荷兰舰船，将所有海盗就地击毙。
闽江口海战至此结束，全歼西班牙与荷兰三万五千海盗，击毁敌方战列舰四艘，击沉敌方武装商三十余艘。
但是明军无论是东江水师军和辽东军、宣大军损失都非常之大。
尤其是袁可立阵亡，令朱由检无比悲痛。
但此时还不是悲痛的时候，侵略的残余势力还占据着南日群岛，澎湖岛上的战斗也仍然如火如荼进行着。
朱由检命令毛文龙暂时接管登莱水师，与郑芝龙合兵一处，解救澎湖岛上被八围困的曹文诏和曹变蛟。
此时，澎湖岛上的西班牙人与荷兰人，已经知道了闽江口全军覆没的消息，正准备乘船逃走，与郑芝龙、毛文龙迎面相撞。
双方激战半个时辰，六千西班牙人和荷兰人，弹尽粮绝，被迫投降，被郑芝龙、毛文龙集体屠杀，尸体扔到海中，堆成了一座漂浮的小岛。
南日群岛上的殖民者强盗成了瓮中之鳖，欲战不能，欲走不能，欲降不能。
朱由检对这伙强盗怀着刻骨的仇恨，要狠狠报复。
他对南日岛围而不打，岛上乱石林立，寸草不生。西班牙人和荷兰人没有粮食，没有淡水，在被围困四天之后，开始自相残杀，然后吃同类的尸体。
围困半个月之后，郑芝龙登上了南日岛，遍地都是森森白骨，岛上被吃得只剩下十几个人。
朱由检命令将这十几个人放掉，让他们给马尼拉的西班牙人、巴达维亚的荷兰人传话，赶紧收拾行李，滚回老家去。
整个福建沿海几乎家家戴孝，昔日家园化为焦土。
为了补偿福建人，朱由检决定福建免税三年，并首先在福建解除海禁。
消息传开，福建人奔走相告。
福建非常缺少耕地，为了生存，大量福建人从事海外贸易。推行海禁，就是断了他们的生路。解除海禁，就是给了他们一条生路。
洪武末年，朱元璋下诏禁海运实际上并没有成功实施。
因为从南往北运输大量物资是客观需求，尤其是朱棣准备开始迁都，营建北京。
即使在华北和辽东搞屯田，也无法满需求。
尽管风险很大，且不可控，但在大运河不通的情况下，仍然只能走海运。
直到永乐十三年为止，明朝仍在通过海运大规模运输战略物资。
明朝真正禁止海运是在永乐十三年，但这也不是朱棣有多大的决心禁止海运，而是地方势力，自下而上推动的。
尤其是山东方面，因为运河修通了，明朝发现河运比海运更有优势，风险可控，而且沿途地方利益也很大，于是顺势禁了海运。
另外，在朱棣个人意志和皇室主导下的郑和下西洋，与明朝政府主导的南北海运，基本上没啥关系。
把海运禁了，所有依附于南北运输的相关利益方，自然全部转移到河运上。
时间长了，沿途的地方利益更加不可动摇了，自然集体推动更加严厉的海禁，那么皇室主导下的郑和下西洋，随着朱棣的去世不可能长久持续下去。
正是这一转变，使明朝与即将到来的大航海时代失之交臂。
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