朱慈烺颁布旨意，对文化殿与武英殿进行重新修缮，以此作为内阁与军机处的办公场所，自此，大明的军令与政令皆由此处传向全国。
坐落于奉天殿左侧的武英殿，配备了凝道殿与焕章殿这两个东西配殿，左右廊房共计六十三间，现今已转变为军机处的办公地点。
各位军机大臣及军机参赞均享有独立的书房以处理公务，此外，还设有膳食堂与休息室，而主殿则作为朱慈烺的办公地点及会议室。
朱慈烺总觉得置身高处、一群人于下方站立议事的模式颇为别扭，故而采用后世会议室的布局方式进行设计。
在即位前，便责令御用监打造两张长方形会议桌以及配套的椅子，作为大明最高的行政机构，自然不可显得简陋。
恰巧御用监尚存有一批顶级木材原料，这些木材是当年原定于运往北京城，献给天启帝的，还没开始运输，天启帝便驾崩了，于是闲置在南京御用监。
朱慈烺即刻批准将其投入使用，并拨足了所需银两，御用监加班加点地工作，分别制作出一张金丝楠木与黄花梨木的大长桌。
这两张桌子做工精致细腻，细节之处雕刻得栩栩如生，楠木桌放置于武英殿，而黄花梨木桌则安置在文华殿。
武英殿上由朱慈烺所写的“武德昭彰”四个大字，军机处众人议事之时，皇帝坐于中间，众臣按照级别分坐两侧。
武英殿上方悬挂着由朱慈烺亲笔题写的“武德昭彰”四个大字，气势恢宏，此外，还设立了秘书司，全权负责武英殿的各项后勤管理工作。
而内阁所在的右侧文华殿也做了相同的配置，文华殿会议室的匾额上则是方岳贡题写的“文渊洽熙”四个大字。
对于朱慈烺这样安排，也没人有异议，这些天来众臣逐渐熟悉了这位大明新君的脾气秉性。
皇帝似乎很不习惯自己坐着而别人站着议事的场景，因此在议事时，总是会赐予众人座位。
朱慈烺之所以做出这些改变，就是要彻底改变朝廷原本的朝会制度，换成更为高效的方式来处理朝政。
原本的朝会，分为大朝会、朔望朝和常朝，大朝会为礼仪性朝会，正旦、冬至和皇帝生日举行，或者皇帝登基、大婚、册封皇后、太子时在奉天殿举行。
朔望朝同样是礼节性朝会，每月初一、十五举行，百官公服在奉天殿向皇帝行礼，同样不处理具体政务。
朝廷政务都是在常朝时处理，分为早朝和午朝，早朝在奉天门前举行，也就是所谓的御门听政，这是讨论全国政务的核心会议。
早朝官员所奏之事，一般都长篇大论，滔滔不绝，午朝则是作为早朝的补充，主要作为早朝的补充，主要探讨全国的军情要务，所奏之事，要简洁明了一些。
朱慈烺登基之后，首要变革之一便是推行七天工作制，古代中国早有七曜之概念，而此时欧洲的七天周期观念也已广为流传，并随着天主教的传入进入中国。
朱慈烺未采用西方的说法，而是以古代七曜为基础，制定了每七天为一个周期的工作制度，前五天为工作日，后两天则用于休沐，此制度自中央开始推行。
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